"Signer's identity is unknown because it has not been included in your [...]"
Apparentemente il tuo client PDF non è contento del tuo certificato perché avrebbe dovuto essere incluso nel tuo qualcosa . Suggerisco di espandere la finestra per leggere la parola che seguirà "tuo", perché quella parola sarà probabilmente un buon indizio su quale sia il tuo problema in realtà.
Se il tuo software di lettura PDF è Adobe Reader, ti consigliamo di leggere questa pagina , e consultare i membri della lista di fiducia approvati da Adobe : questi sono i CA che Adobe riconosce come valido per il rilascio di certificati per firmare documenti. Non vedo alcuna menzione di "Comodo" in quella lista, che può fare molto per spiegare il tuo problema.