Come ho capito, Yubikey NEO in modalità CCID può essere utilizzato come SmartCard. L'ho collegato, configurato usando GnuPG e testato usando Kleopatra: crittografato un file di testo.
È possibile crittografare i dati con Yubikey NEO (come fa GnuPG) usando puro Java? L'esistenza dell'API javax.smartcardio suggerisce che è possibile.
La cosa più vicina che ho trovato è Progetto OpenSC-Java ma non riesco a trovare un esempio di crittografia dei dati.