Il codice in esecuzione in modalità kernel ha sempre le autorizzazioni complete per fare qualsiasi cosa, incluso il crash del kernel o la sua struttura interna dei dati. I driver in modalità utente limitano quelle capacità in modo che la comunicazione con il micro kernel sia forzata per essere eseguita su un'interfaccia ben specificata. Ad esempio, se un driver del dispositivo di archiviazione ha un bug tale che un puntatore che usa come destinazione per un buffer di copia a volte viene utilizzato non inizializzato, in macrokernel, c'è la possibilità che il puntatore non inizializzato possa puntare alla memoria del kernel, e il driver potrebbe sovrascrivere la struttura dei dati del kernel, come la tabella dei processi, probabilmente causando un arresto totale del sistema (kernel panic). In un microkernel, dato che il driver non può scrivere direttamente nella memoria del kernel, tali errori al massimo si limitano a bloccare il driver del dispositivo stesso, e il kernel può riavviare il processo del driver del dispositivo.
In generale, il pensiero è che microkernel abbia un'architettura di sicurezza migliore rispetto a un macrokernel, tuttavia si tratta di una penalizzazione delle prestazioni. I moderni micro e macrokernel impiegano una serie di trucchi per minimizzare i loro punti deboli.