Se l'exe è il tuo codice allora ci sono diverse cose che puoi fare.
Come ha detto Bruno Rohée: Tutti gli danno un upvote.
You can and should sign Windows applications : see http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ie/ms537361(v=vs.85).aspx
Puoi provare a offuscare il codice usando uno strumento per qualsiasi lingua in cui hai creato l'applicazione. Questa tecnica tenterà di distruggere (difficile da fare) decompilatori e analizzatori dalla costruzione di codice leggibile dal tuo EXE.
Dovresti contrassegnare il file sul tuo server come di sola lettura per tutti gli utenti e cambiare il proprietario in un account che non è controllabile da alcun vettore di infezione in modo che se il tuo server web viene infettato da qualcosa che può leggere ma non scrivere sul file. In sostanza chmod 644
del file.
Puoi inviarlo e collegarlo al link e chiedere ai tuoi utenti di fare lo stesso. virustotal.com eseguirà il file attraverso una serie di scanner antivirus e fornirà una relazione.
Che è simile al "fidati di me approccio", ma ora stai sostenendo il tuo reclamo.
Inoltre, dovresti pubblicare i tuoi hashsum nella pagina di download.
Il modo migliore per evitare modifiche al tuo codice è firmarlo. Se una firma è rotta sul tuo EXE, sai che il tuo utente Windows lo saprà.
Puoi anche contrassegnare la tua applicazione al momento della compilazione per eseguire la randomizzazione dello spazio degli indirizzi. Ciò significa che per un cracker che cerca di sfruttare la tua applicazione si caricherà in parti casuali della memoria anziché "in linea retta", simile all'offuscamento.
Modifica: ho detto che il modo migliore per impedire la modifica del codice è errato. Avrei dovuto dire che il modo più trasparente per avvisare gli utenti del codice modificato.