Generalmente non importa quale filesystem usi se intendi mettere un livello di crittografia come LUKS tra il disco fisso e il filesystem, perché LUKS darà ad ogni filesystem la stessa quantità di protezione.
Tuttavia ci sono alcune cose da tenere a bada, che inizieranno a essere importanti se non si utilizza la crittografia del disco o se la partizione LUKS è stata violata (forse a causa dell'utilizzo di una password debole).
Ci sono alcuni filesystem che usano tattiche copy-on-write per mantenere i tuoi dati al sicuro - nel senso che se cambi un file, i vecchi dati non verranno sovrascritti. btrfs è un esempio di tale file system, e altri non lo fanno per i dati, ma lo fanno per i metadati. Praticamente ogni file system di journaling ha una certa quantità di built-in copy-on-write.
Il problema con copy-on-write dal punto di vista della riservatezza è che non è possibile sovrascrivere in modo affidabile i dati sensibili. Se uso il programma "shred" su unix per sovrascrivere un file diecimila volte con dati casuali, creerò solo diecimila istanze di dati casuali sul mio disco e nasconderò ogni istanza tranne l'ultima dalla vista, ma i dati originali continueranno a essere sedersi senza modifiche.
Lo stesso, in misura minore, è vero con qualsiasi file system su memoria flash e SSD grazie alle tecnologie di livellamento dell'usura incorporate.
Come dici tu, questo può anche essere un vantaggio se sei interessato principalmente all'integrità dei dati.