Non so che HSM Let's Encrypt stia usando. Ma tutti i principali fornitori hanno meccanismi diversi per eseguire backup e ripristino su un supporto crittografato.
Un esempio specifico del fornitore:
Se si installa nCipher / Thales HSMs da zero viene generata una cosiddetta "chiave mondiale" che viene archiviata crittografata su disco normale e con la quale tutte le chiavi utilizzate per le operazioni di crittografia all'interno dell'HSM sono crittografate.
La chiave mondiale stessa è crittografata con una chiave memorizzata distribuita su un cosiddetto "set di schede di amministrazione" (Shamir's Secret Sharing). Quindi, con i file e un sottoinsieme K-of-n configurabile del set di schede di amministrazione, è possibile ripristinare la chiave mondiale in un nuovo HSM vuoto e quindi lasciare che HSM decodifichi tutti i keystore anche ripristinati nell'HSM. Lo chiamano "aggiungi HSM al mondo della sicurezza".
Ovviamente devi implementare i tuoi controlli di sicurezza organizzativi e tecnici attorno a questo per implementare un processo di backup e recupero davvero sicuro.
Detto questo, devi ancora fidarti del fornitore di HSM che non ci sono back-door nel firmware per estrarre le chiavi in modo non documentato.