In realtà non fa alcuna differenza. Il sale non deve in alcun modo essere tenuto al sicuro. Ci sono probabilmente alcuni vantaggi di sicurezza molto minori per rimanere segreti (dato che fornirebbe una certa protezione contro le password insignificanti), ma se la tua sicurezza dipende da questo, allora la tua sicurezza è rotta.
Inoltre, è improbabile che la differenza tra essere nella stessa colonna rispetto a una diversa sia fare una differenza se il DB è compromesso. Potrebbe essere minimamente vantaggioso inserire entrambi in una colonna crittografata, ma se sono due colonne crittografate o una non fa molta differenza neanche.