Flash Drive: è possibile capire cosa / quando sono stati aggiunti i file?

No. L'unità flash in sé non ha il proprio concetto di tempo e deve fare affidamento sul tempo che gli viene dato dal computer host. Questo link ha una buona informazione su come individuare un falso data ma un attaccante sufficientemente abile sarebbe in grado di pianificare per questo (Nota: il collegamento si riferisce specificamente a NTFS, quindi se il tuo flash drive è un formato diverso il tuo chilometraggio può variare).

Se ritieni che il dispositivo possa essere stato manomesso con la cosa più sicura da fare è o formattare quello esistente o buttarlo via e ottenerne uno nuovo.

No, non ora, se si dispone di un backup dei dati sulla chiavetta USB, è possibile confrontare i due e vedere eventuali differenze, ma se si dispone di un backup è sufficiente lanciare la chiavetta USB. Se avessi crittografato parte dell'unità prima che fosse posizionata in modo errato, potevi essere sicuro che la parte non fosse stata modificata o esposta. Ma anche dopo averlo restituito vorresti copiare il file crittografato e buttarlo via se fossi paranoico.