Quello che hai descritto è solo un problema per i sistemi antivirus basati su rete, e non credo che attualmente ci sia un modo in cui tali sistemi rilevano il malware crittografato se utilizzano un algoritmo di rilevamento basato sulla firma.
Credo che la soluzione qui sia quella di implementare un buon programma antivirus basato su host in grado di eseguire analisi AV in tempo reale mentre i file vengono acceduti e di conseguenza rilevare eventuali virus noti dopo che l'e-mail è stata decifrata. Naturalmente, si desidera anche disabilitare la visualizzazione delle immagini in linea o in altro modo interagendo con gli allegati automaticamente dopo la decrittografia. Norton Antivirus e Intego Virus Barrier sono due esempi di prodotti in grado di offrire rilevamento di virus in tempo reale basato su host.
In teoria, potresti essere ancora vulnerabile a malware che si rivolge all'implementazione di decrittografia PGP utilizzata sul tuo sistema. Sembra una probabilità estremamente bassa, ma se ti preoccupasse, potresti mitigare il rischio controllando solo le e-mail PGP all'interno di una Macchina Virtuale sul tuo sistema.