Ci sono alcune variabili da tenere in considerazione. Prima di tutto non è banale accedere semplicemente alle partizioni Linux. Principalmente perché, in modo nativo, Windows non supporta ext3 o ext4 che vengono utilizzati per installare Linux. Senza questi driver è impossibile accedere alle unità. Normalmente, il malware non dispone di driver di lettura / scrittura integrati per questi file system.
Anche se molto poco plausibile non è impossibile. Per impedire che la tua partizione Windows visualizzi Linux dovrai crittografare la tua partizione Linux con LUKS . Per impedire a Linux di accedere alla partizione di Windows, è necessario crittografare la partizione di Windows con Truecrypt (crittografia completa del sistema).
La parte difficile qui è impostare tutto. Ho trovato un buon articolo su qui quali dettagli su come configurare un tale sistema.