Gli avvisi SSL dovrebbero andare via se attivi il reverse proxy di Cloudflare ("orange-cloud" il record DNS che punta al tuo Debian VPS). Quando richiedi il tuo URL, ti verrà presentato il certificato Edge di Trustflare del browser di Cloudflare.
Per la connessione end-to-end completamente crittografata, utilizzare l'impostazione SSL "Full (strict)" nella scheda Crypto di Cloudflare. In questo modo le connessioni tra utenti finali e il proxy utilizzeranno il certificato Edge e quelle tra il proxy e il VPS Debian utilizzeranno il certificato di origine.
Riferimento: Presentazione di CA CloudFlare Origin , stessa pagina di riferimento nella risposta di @ matt-nordhoff. Ecco un estratto da quella pagina:
When pausing CloudFlare or gray-clouding individual zones, be aware that you and your visitors may receive errors in their browsers until you orange-cloud (reverse proxy) them again.