I crittosistemi a chiave pubblica basano la loro sicurezza su determinati presupposti, uno dei quali è che determinati problemi matematici, mentre teoricamente risolvibili, sono computazionalmente impossibili da risolvere. Esempi tipici sono la fattorizzazione di interi e il problema del logaritmo inverso che vengono utilizzati in crittosistemi come RSA, DSA ed Elgamal. Ad esempio, un utente malintenzionato con una potenza di elaborazione infinita, memoria e tempo, potrebbe derivare una chiave privata solo con una chiave pubblica.
I computer quantistici funzionano con qubit anziché bit, il che significa che ogni bit potrebbe essere in 0, 1 o una sovrapposizione di questi stati simultaneamente, in contrasto con i computer classici in cui ogni bit può essere solo in uno stato alla volta. Questo porta a ciò che è chiamato il parallelismo quantistico.
Il vero problema è trovare come utilizzare questo parallelismo per risolvere i problemi matematici più velocemente. Determinate attività, come la moltiplicazione, non possono essere eseguite molto più velocemente da questo tipo di computer, mentre altre, come la fattorizzazione di un intero, possono farlo. Algoritmi come l'algoritmo di Shor sfruttano la potenza del parallelismo quantistico per eseguire la fattorizzazione di interi in un tempo esponenzialmente inferiore a computer normali. Ad esempio, la fattorizzazione di un numero di 1024 cifre che richiederebbe miliardi di miliardi di anni, con un computer quantico potrebbe richiedere 20 minuti. Ciò significa che i crittosistemi come RSA che si basano sull'informabilità computazionale della rottura di un intero in due numeri primi saranno considerati obsoleti se un computer quantistico (in grado di gestire tale calcolo) sarà costruito.
Per questo motivo, i crittografi stanno già facendo ricerche su cosa accadrebbe in un'era post-quantistica e stanno cercando di trovare come costruire criptosistemi a chiave pubblica che si basano su problemi che non possono essere risolti dai computer quantistici più velocemente di quei computer classici.
Infine, si dovrebbe affermare che la crittografia simmetrica non è influenzata tanto dai computer quantistici. Usando un computer quantistico, l'algoritmo di Grover può rendere la ricerca di una chiave più rapida richiedendo il quadrato radice del tempo di una normale ricerca di forza bruta. Questo è significativo, ma è suggerito che raddoppiare semplicemente la lunghezza della chiave sia sufficiente per mitigare l'attacco.