Di solito ci sono due punti principali per evitare tali problemi:
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Per impostazione predefinita, esiste un elenco limitato di fonti attendibili per il download dei pacchetti definito nei file di configurazione del sistema (ad esempio, è sotto la directory /etc/yum.repos.d/ nel sistema CentOS che ho adesso a portata di mano),
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I pacchetti stessi sono firmati da questi repository in modo da poter controllare l'integrità degli aggiornamenti scaricati utilizzando le chiavi pubbliche del repository corrispondente (solitamente eseguite automaticamente dal software di aggiornamento).
Ciò eviterà a una terza parte di iniettare aggiornamenti corrotti. Tuttavia, questo sistema si basa sulla fiducia: vorresti aggiungere qualsiasi repository aggiuntivo che ti fidi implicitamente di non danneggiare il tuo sistema.