In breve, no, questi strumenti non funzioneranno in un ambiente crittografato. Si avvieranno, considerando che la crittografia è l'unica restrizione, ma, se il problema è il malware, il codice dannoso stesso, insieme a tutto il resto, viene crittografato. Detto questo, esistono strumenti che possono alleviare questo. Backtrack, ad esempio, ha incorporato TrueCrypt. In caso di emergenza, si potrebbe "aprire" l'unità e fare qualche ricerca e soccorso. Backtrack ha anche strumenti antivirus, anche se, in molti casi, sarebbe meglio salvare i file critici e nukeare tutto.
Se il problema è la corruzione, tuttavia, le cose cominciano a essere più difficili. Ho solo esperienza con TrueCrypt, ma se l'intestazione di una chiave è corrotta e uno ha perso il disco di riparazione, la vita diventa più difficile, molto più difficile.