Vedi questa pagina per un'implementazione scaricabile di un generatore di collisioni MD5, usando il metodo di Klima. Su una CPU Core2 a 2,4 GHz, produce in media una collisione ogni 14 secondi (e utilizza solo un core, poiché la ricerca si adatta perfettamente alla cache L1, si adatta in modo ottimale alla CPU multi-core). L'ho lasciato girare alcune settimane, misurandone più di 100000 collisioni.
Quindi no, non esiste un indice di tutte le collisioni MD5. Faresti meglio a usare una robusta funzione di hash. Prova prima SHA-256; è la solita raccomandazione. Se (e solo se) riscontri un problema di prestazioni reale misurato con SHA-256, allora potresti cercare funzioni alternative (una CPU CoreZ2 2.4 GHZ potrebbe ancora hash qualche milione di nomi di file al secondo, quindi ci vuole una situazione piuttosto speciale per SHA-256 in realtà ha problemi di prestazioni).