No, non saranno molto isolati.
Ogni installazione sarà isolata da un normale utilizzo . Ad esempio, un aggiornamento di Windows installato su un Windows, non verrà applicato all'altro.
Il problema principale, come suggerito da Rory Aslop, è che entrambi saranno in grado di vedere l'una l'altra partizione. Quindi un virus che ad es. infettato ogni .exe
file sul computer, infetterà entrambe le installazioni.
Questo spesso non succede se hai un SO diverso. Windows 98 non sarà in grado di leggere un'installazione di Windows 8, né Windows 8 leggerà un filesystem Linux. Quindi, sarebbe molto più difficile che un virus sul primo riguardi il successivo, anche se non impossibile: ricorda che non c'è alcun fisico separazione. Il virus potrebbe includere un driver per l'altro file system, potrebbe cercare nel disco raw i file da infettare o, più semplicemente, semplicemente cancellare l'intero disco.
Come sembra che tu voglia che siano isolati l'un l'altro, vorrei rendere nascosta la partizione del sistema operativo-non-attualmente-avviato / annullare l'assegnazione della sua lettera di unità, quindi un malware avrebbe almeno bisogno di montarlo per accedervi, al contrario di infettare semplicemente tutte le unità montate.
¹ Nota che spesso il contrario non è vero.