Quando installi un sistema operativo, creerai quasi sempre le partizioni e le formatterai comunque, quindi qualsiasi dato precedente presente sull'unità non dovrebbe costituire un problema, a meno che questi "dati" non siano realmente dannosi e progettati per sfruttarli una vulnerabilità nello strumento di creazione del filesystem, ma non ho ancora sentito di questi difetti.
L'unica eccezione sarebbe Windows che fa cose strane con l'MBR; Credo che non lo riscriva se sul disco esiste già un MBR di Windows e non offre alcun modo per cancellarlo dal programma di installazione, quindi se sul disco è presente un'installazione di Windows precedente probabilmente lo si utilizzerà potenzialmente MBR dannoso.
Per sicurezza (e perché mi piace che i dischi siano completamente puliti prima di installare un SO) mi piace avviare su un CD Linux ed eseguire shred -n 1 -v /dev/sdX
o emettere il comando di cancellazione sicura con hdparm
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