Dal punto di vista della sicurezza, tutte le opzioni menzionate sono adeguate, a condizione che siano configurate in modo sicuro. La configurazione sicura riguarda principalmente la gestione delle chiavi; il modello che suggerirei è che ogni server ha la sua chiave privata e anche le chiavi pubbliche di tutti i server con cui ha bisogno di parlare.
È necessario considerare se si desidera che i server comunichino direttamente tra loro o se si desidera un hub centrale. SSH e SSL si adattano al modello peer-to-peer in modo naturale. Le VPN generalmente favoriscono il modello di hub, ma è possibile avere una VPN peer-to-peer, ad es. Freelan .
Se è necessario proteggere una varietà di protocolli, una VPN può essere l'opzione migliore in quanto è possibile configurare la sicurezza una volta e tutti i protocolli beneficiano della sicurezza VPN. Se è solo un protocollo, allora preferirei SSH per amministrazione e trasferimenti di file, e SSL per tutto il resto.