Sono vulnerabili come qualsiasi altro software a una vulnerabilità, quindi alla tua domanda specifica sarebbe altrettanto vulnerabile. Ricorda però che nel caso di shellshock l'honeypot dovrebbe passare l'input a una shell bash per essere vulnerabile. Certo, un altro componente del sistema è vulnerabile, l'honeypot potrebbe ancora essere compromesso usando un altro vettore.
L'unica differenza tra un honeypot e altri software è che un honeypot è progettato per essere attaccato, quindi spesso mettono severi controlli su qualsiasi meccanismo che usano per catturare malware, exploit, ecc. È improbabile che un honeypot possa passare input a una shell bash visto che è risaputo essere rischioso, ma tutto è possibile.