Questo potrebbe essere utile se i clienti acquistano la tua applicazione web e poi la installano su una piattaforma autonoma e devi renderla protetta nonostante il SO e l'architettura back-end sottostanti.
Se l'applicazione è stata compilata correttamente e considera correttamente l'input dell'utente in tutti i punti, non ci dovrebbero essere differenze. Se tuttavia alcune parti dell'applicazione consentiranno un exploit MS SQL mentre un MySQL fallirà, o un exploit di Windows funzionerà, tuttavia quando è ospitato su Linux questo non è possibile, allora c'è un vantaggio. Ovviamente, non lo saprai a meno che tu non valuti dinamicamente le vulnerabilità su queste piattaforme (utilizzando uno scanner come ti proponi, oltre a test manuali) o staticamente (analizzando il codice sorgente sia automaticamente che manualmente).
Detto questo, la maggior parte delle applicazioni tende ad esibire vulnerabilità simili indipendentemente dalla piattaforma su cui sono state installate e dovrebbe essere codificata in un modo unico per essere sfruttata su una piattaforma e non sull'altra.