Quando si imposta la crittografia dell'intero disco con TrueCrypt, è necessario un riavvio per verificare l'operatività del boot loader TrueCrypt. Dopo questo riavvio si verifica quando viene eseguita la crittografia effettiva del sistema. Il processo di crittografia avviene mentre il sistema operativo è in esecuzione (e, in effetti, anche altre applicazioni possono essere utilizzate nel frattempo) e non richiede il riavvio per il completamento.
Come è fatto? Affinché qualsiasi altra applicazione funzioni sui file di sistema, in genere è necessario che l'applicazione disponga di una sorta di utility di pre-avvio (che, per sua natura, richiede il riavvio) in grado di eseguire operazioni prima che il sistema operativo carichi e blocchi il sistema File. Che cosa fa TrueCrypt in modo diverso, che consente di ignorare questo requisito senza causare instabilità del sistema?