No, quando si cripta una sezione web.config, si specifica a quale applicazione e sito appartiene la configurazione. Il contenitore sarà specifico per quel sito e applicazione e non sarà accessibile ad altre applicazioni.
Se controlli il sistema, puoi fare tutto ciò che vuoi, inclusa la decrittografia della sezione. Non c'è protezione contro il proprietario della scatola.
La protezione più grande che si ottiene qui è contro la diffusione del file web.config. Se una parte dannosa riceve una copia del file, i dati sensibili in esso contenuti non possono essere utilizzati per attaccarti se sono crittografati.