Supponendo che si intenda il codice di inizializzazione per una determinata serie 2FA, come richiesto quando si configura per la prima volta un generatore TOTP per un servizio specifico, allora sì, memorizzarlo con gli altri dettagli di accesso non è l'ideale.
Come dici tu, se qualcuno dovesse ottenere l'accesso alla password sicura, sarebbe in grado di accedere senza problemi utilizzando il proprio generatore TOTP con le stesse inizializzazioni.
Se si desidera mantenere i valori di inizializzazione 2FA, una seconda password sicura, tenuta separata dal proprio giorno per giorno, non sarebbe una pessima idea, ma non si vorrebbe mantenere la password nella cassastrong principale! Dal momento che è necessario richiedere i valori solo di rado, non è necessario che siano facilmente accessibili. Anche una stampa in una cassastrong può essere accettabile.
Alcuni servizi consentono di generare un codice di utilizzo per riottenere l'accesso al proprio account in caso di perdita o guasto del dispositivo 2FA. In tal caso, probabilmente è meglio fare affidamento su questi, piuttosto che mantenere i valori di inizializzazione intorno, poiché di solito non possono essere utilizzati per ottenere l'accesso senza che venga inviata una notifica.