La risposta più semplice è perché ciascuna soluzione antivirus è codificata in modo diverso. Sono diversi pezzi di software. Ci si aspetta che ci siano delle differenze, proprio come ci si aspetterebbe differenze tra MS Office, OpenOffice e Star Office.
Espandendoci sopra, alcuni antivirus utilizzano database di virus che, in parole povere, contengono informazioni sui virus noti. Questi sono sempre un passo indietro rispetto ai cattivi in quanto devono sapere di un virus prima che possano aggiungerlo al db. Mentre la maggior parte dei prodotti antivirus che utilizzano questo tipo di tecnologia fanno un buon lavoro di aggiornamento, è certamente possibile che un prodotto AV frantumi ciò che altri trovano.
Altre forme di anti-virus utilizzano l'euristica (analizzano il comportamento del software) per cercare di rilevare il malware. Questi possono rilevare il malware che il software AV tradizionale può mancare e possono perdere malware che l'altro tipo di antivirus può trovare.