In realtà non vedo come si possa ancora fare la dedupazione quando si hanno a che fare con dati cifrati, e purtroppo non ho esperienza sul comportamento di DropBox, tuttavia dato che la sezione di modifica della domanda mostra un interesse più ampio ecco la mia risposta di due pence su come il requisito sopra menzionato potrebbe avere risposta.
Quando viene creato un nuovo account, viene generata una nuova chiave di cifratura e questa chiave viene effettivamente memorizzata insieme ai dati ma non in forma chiara: questa chiave viene crittografata utilizzando le credenziali dell'utente. Grazie a questo:
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Impossibile trovare la chiave senza trovare la password dell'utente,
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Quando l'utente cambia la sua password, solo la chiave deve essere ricodificata con la nuova password, la chiave stessa rimane la stessa non è necessario che i dati vengano completamente crittografati.
Quando c'è un requisito (legale, ecc.) per un qualche tipo di accesso alla gestione su questi dati, la chiave di cifratura sarà semplicemente memorizzata due volte, una protetta dalla chiave dell'utente come descritto sopra, una protetta usando un segreto noto a solo con un livello di gestione superiore (utilizzando una crittografia asimmetrica, ad esempio, un server avrebbe la possibilità di cifrare la chiave senza memorizzare abbastanza conoscenze per decifrarlo).
Tale sistema può essere regolarmente trovato per proteggere l'archiviazione dei file come i file system e così via. Ancora una volta, non so se DropBox abbia applicato questo schema o usato qualsiasi altro metodo (e dubito che DropBox pubblicherà mai dettagli tecnici sulla loro sicurezza interna, al massimo un discorso commerciale).