Attualmente, YubiKey può essere configurato dall'utente durante la configurazione in modo che sia protetto da scrittura. Questo è il motivo per cui il dispositivo non può essere compromesso da una sorta di script dannoso che viene caricato su di esso, ma anche per impedire l'integrità della chiave compromessa. Anche se, se qualcuno ha il dispositivo fisico, in realtà non è necessario andare oltre nel compromettere il dispositivo, almeno nel senso dell'autenticazione statica del dispositivo, dal momento che si dispone del dispositivo stesso.
In breve, lo YubiKey ha misure per impedire il caricamento del codice malizioso sul dispositivo. Ma questo deve essere impostato dall'utente durante la configurazione iniziale dei tasti memorizzati sul dispositivo. Se qualcuno dovesse afferrare lo YubiKey prima che l'utente lo imposti, allora in teoria, sì, potrebbe essere compromesso.