Risposta breve: non preoccuparti delle dimensioni del cluster. Non noterai alcuna differenza.
Risposta più profonda: la logica imporrebbe che più grande è il cluster, meno il numero di richieste di dati sarà necessario dal momento che sarebbero più grandi. Tuttavia, con un'apposita chiavetta USB 3.0, non vedrai una differenza che valga la pena. FWIW, la dimensione del cluster è tradizionalmente più un'ottimizzazione dello spazio che altro; meno cluster significa una tabella di utilizzo del disco più piccola, meno bit overhead, ecc. Tuttavia, cluster più grandi significano più spazio sprecato dato che un file di 3 byte di dimensione occuperà ancora un intero cluster 4K.
Dato che sei su un Mac (sei su apple.stackexchange.com), probabilmente useresti FAT32 e non NTFS. Non usare FAT12 / 16. HFS + ti limiterà a un Mac. NTFS non è realmente supportato su OSX e potresti eseguire il trip sugli ACL di autorizzazione. FAT32 sarà il più veloce dal momento che NTFS continua a tormentare il disco mentre FAT no.