Non ho trovato un modo per far funzionare Apple Mail in El Captain. Ho rimosso Spam Sieve, MsgFiler, Mail Act-On e ho seguito altri suggerimenti inutilmente.
Ho risolto un problema simile chiudendo Mail, cancellando tutti gli account di posta elettronica in Preferenze di Sistema, reinstallando il mio account di posta elettronica iCloud da zero - iCloud Mail quindi OK - dopodiché ho aggiunto i miei altri account di posta elettronica - tutto ora OK. Spero che questo aiuti.
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