Ogni volta che cerco di riavviare il mio mac (macbook pro retina | el capitan), tutto scompare tranne il dock in modo che il processo si interrompa e questo è il modo in cui appare il mio desktop: 
Hai provato a rimuovere alcuni oggetti dal dock? Puoi sempre aggiungerli in un secondo momento. Vai anche sotto l'icona della tua Apple nell'angolo in alto a sinistra all'opzione di uscita forzata e vedi se c'è un'applicazione aperta da qualche parte che non sei a conoscenza e forza di chiuderla. Infine, controlla le preferenze di sistema per il Dock. Puoi scegliere di nascondere il Dock in modo che appaia solo quando il cursore si posiziona nella parte inferiore dello schermo. Dubito che comunque risolverei il tuo problema. Ho il mio Dock sul lato sinistro dello schermo ed è nascosto, in questo modo posso vedere l'intero schermo e accedere al Dock solo quando ho bisogno di aprire un'applicazione. Buona fortuna.
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