In generale, la GPL afferma che è possibile utilizzare un codice con licenza non GPL nel prodotto con licenza GPL a condizione che la licenza non GPL non imponga più restrizioni rispetto alla GPL. In altre parole, puoi usare liberamente il codice con licenza 3-clause-BSD nel tuo progetto GPL. Ciò non modifica la licenza del codice con licenza BSD - la GPL è virale solo per il codice che utilizza il codice con licenza GPL, non per il codice utilizzato dal codice con licenza GPL (che sarebbe irragionevole e in generale impossibile). D'altra parte, la licenza BSD a 4 clausole contiene una clausola aggiuntiva sulla pubblicità, che non esiste nella GPL, e quindi è incompatibile.
Vedo due candidati per le clausole incriminate nella Ms-PL. Uno è 3c, che richiede la conservazione non solo delle note sul copyright (che è praticamente universale tra le licenze), ma anche di brevetti, marchi e avvisi di attribuzione. L'altra è la seconda parte del 3d, che impone una restrizione sulla forma compilata del codice che non è presente in questa forma nella GPL. Ma IANAL, quindi non ne sono sicuro.
Si noti inoltre che la Ms-PL contiene una clausola brevettuale simile a quella della licenza Apache, che la rende incompatibile con la GPLv2, ma non con la GPLv3 (che ha aggiunto una formulazione simile propria). Vedi la descrizione sul sito web di GNU: link