Mi ero dimenticato di quanto sia bello Carbon Copy Cloner ! Non l'ho usato da molto tempo (l'ultima volta l'ho usato, era gratuito, offrono una versione di prova completamente funzionale per 30 giorni).
Ho ripreso tutti i tentativi che ho elencato nella mia domanda, incluso il solo trasferimento di un singolo profilo utente (dati, applicazioni, ecc.) utilizzando l'Assistente Migrazione senza modifiche. Ogni volta che terminavo una migrazione, clone, quasi il 50% delle mie app venivano viste come applicazioni PowerPC e non funzionavano ... anche se erano di fatto app Intel / Universal.
Credo che il problema di fondo fosse che la partizione di ripristino delle due macchine era diversa. Sono sorpreso che Clonezilla non l'abbia cancellato (ha clonato le 3 partizioni)! D'altra parte, Carbon Copy Cloner mi ha informato della differenza e mi ha offerto di clonare la differenza. Quella differenza era solo il fatto che la macchina di destinazione aveva un sistema operativo Lion nella partizione di ripristino. Entrambe le macchine sono state fotografate con Mountain Lion.
Questa è solo una supposizione, ma poiché nient'altro ha funzionato e CCC lo ha fatto, lo lascerò a meno che qualcun altro non possa offrire qualche intuizione. Spero che questo aiuti qualcuno in futuro. Non ho mai visto o sentito nulla di simile.