Un'impostazione aziendale (su uno stack Microsoft) sarà probabilmente SQL Server e uno strumento ORM. Da un'esperienza di apprendimento, puoi semplicemente usare SQL Express.
Vorrei creare un database utilizzando lo strumento Gestione database per conoscere il DBMS stesso.
Il framework .Net viene fornito con un linguaggio di query chiamato LINQ. Questo è buono da imparare. Puoi usare Entity framework per creare un modello dal database che hai creato (Visual Studio ti renderà più facile). Come dice il nome, EF crea entità dal tuo modello di database e puoi usare LINQ per eseguire query sulle tue entità, che il framework tradurrà in sql.
Stai utilizzando un livello di astrazione in questo modo, ma è solo il modo in cui le applicazioni sono costruite, quindi non vedo alcun danno in questo