Quale metodo per confrontare le cartelle è più preciso, diff -r o md5?

Ho bisogno di confrontare un paio di cartelle per vedere se sono state copiate correttamente. L'opzione diff -r dir1 dir2 sembra la prima scelta ovvia, ma alcuni confronti che sono passati in questo modo, non hanno superato il test utilizzando lo strumento md5 . Perché? Ciò significa che MD5 è sempre l'opzione migliore? E potrebbe esserci uno ancora migliore?