Non posso essere sicuro che sia correlato ma dopo aver attivato File Encryption Spotlight ho smesso di lavorare su cartelle di file e app. Ho provato tutti i consigli che ho visto in questo post su questo forum e altro, tra cui la reinstallazione del sistema operativo e il ripristino della RAM dei parametri e l'eliminazione della cartella .Spotlight-V100.
Ho trovato la risposta oggi e ci è voluto tanto tempo che pensavo valesse la pena di postare sia la domanda che la risposta qui.