Se vedi il grafico di caricamento della tua CPU (@ 200%), sembra che la tua macchina possa gestire 4 thread. Ogni thread può gestire il 100% del carico della CPU. 4 core (virtuali) possono gestire 4 thread e 4 thread possono gestire un carico totale della CPU del 400%. Quindi il 200% significa solo 2 core funzionano al 100%.
Perché sono bloccati al 100% non posso dire. Potrebbe essere qualcosa nel tuo codice. Potrebbe essere qualcosa nel codice MATLAB. Esiste qualche tipo di strumento di debug in MATLAB? Potresti provare anche i forum MATLAB.
Se il tuo codice si comporta diversamente sullo stesso hardware usando la stessa versione di MATLAB, puoi provare a ripararlo da lì.