Ho installato homebrew link e osquery link . Poi ha fatto
select * from preferences where domain like "%system%";
che mostrava un elenco di impostazioni delle preferenze che potrebbero essere interessanti. ThirdPartyCount era 0, che pensavo fosse sbagliato. Così ho fatto il backup di ~ Library / Preferences / com.apple.systempreferences.plist e ho usato XCode per modificare il valore su 3 (che è il valore che mi aspettavo). Dopo un riavvio è tornato a zero.
Dopo un po 'di ricerca su google, ho trovato / Library / PreferencePanes contiene riquadri delle preferenze di terze parti. Gli alias lì erano tutti rotti: perché avevo cancellato manualmente i plugin del browser da "/ Library / Internet Plug-in". Così ho cancellato gli alias davvero morti, ho reinstallato Java e ora la riga in basso è visualizzata come previsto. Grazie per tutto il tuo aiuto.
(nota a piè di pagina: AirDisplay pensava di avere un prefpane, ma l'ultima versione non ce l'ha più)