Hai abilitato l'opzione "Trova il mio iPad" sul dispositivo perso? In tal caso, puoi andare su iCloud.com e cancellare da remoto tutti i dati sull'iPad senza perdere le note in iCloud.
In caso contrario, hai utilizzato un passcode? Tutti i dati sull'iPad sono crittografati ed è altamente improbabile che qualcuno trovi il tuo dispositivo (bloccato) e cerchi di violare i tuoi appunti.
Un'altra soluzione alternativa richiederebbe l'uso dell'applicazione Notes su un computer OS X. Configura il tuo dispositivo iCloud e un altro account e-mail che supporti le note (la maggior parte degli account IMAP lo fa). Quindi apri l'applicazione Notes e sposta tutte le note sul nuovo account. Questo alla fine si sincronizzerà con il tuo dispositivo perso, ma dovresti accedere alle tue note nel nuovo account.
Non penso che ci sia una risposta perfetta al tuo problema, tutto quello che resta da fare è un controllo dei danni.