Il modo migliore per controllare le dimensioni del testo sarebbe convertire il file in testo / markdown. In questo modo avresti il controllo totale sul dimensionamento.
Dipende davvero da quanto sei bravo a modificare inDesign o come semplificare la formattazione lì per vedere se puoi modificare le cose lì per isolare la parte del nativo - > Conversione ePub che sta andando a vuoto.
Se sei bravo, prendi un approccio più semplice per sistemare le cose. Se non hai attitudine o tempo per imparare inDesign o ripulisci la formattazione del documento (ho visto alcuni file PageMaker che sono stati spostati in inDesign che sono incredibilmente complicati e che dovevano essere buttati fuori e ricominciati dal testo).
Scusa non posso essere più specifico. Se vuoi porre una domanda a seguire con dettagli specifici su quale elemento viene convertito o puoi caricare un caso di test minimale, qualcuno potrebbe avere un'idea migliore su come impedire la conversione povera da un formato all'altro.