La mia macchina ha MacOS 10.12.5 e MacTeX-2016 e funziona perfettamente, sia con Anteprima che con Skim. Ho usato la riga di comando nel terminale. Ecco quali report latexmk --version
e pdflatex --version
sul mio sistema, rispettivamente.
Latexmk, John Collins, 22 April 2016. Version 4.45
pdfTeX 3.14159265-2.6-1.40.17 (TeX Live 2016)
kpathsea version 6.2.2
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Compiled with libpng 1.6.21; using libpng 1.6.21
Compiled with zlib 1.2.8; using zlib 1.2.8
Compiled with xpdf version 3.04
So che in realtà non si qualifica come risposta, ma non ho abbastanza reputazione per commentare la tua domanda!