Per quanto posso dire, questo è un problema provocato da qualcosa in Chrome.
Ho difficoltà con lo stesso problema, ma pur avendo più schermi collegati (si comporta allo stesso modo degli spazi nella maggior parte dei casi) dove ho Chrome on Display uno e due.
Se ora cmd + tab è un'app che è solo sul display 2, passerà a tale visualizzazione, ma quando tornerò alla scheda Cmd + su Chrome tornerà a visualizzare 1 nonostante abbia una finestra di Chrome anche sul display 2.
Se ora cambio queste due finestre di Chrome attorno alla priorità di messa a fuoco non cambia, quindi non ha nulla a che fare con l'ordine di creazione delle finestre, ma solo con il desktop su cui sono attive.
Per la mia configurazione a 2 schermi, dà la priorità a sempre la stessa, indipendentemente da dove si trova il Dock o qualsiasi altra cosa potrei pensare di provare. Penso quindi che abbia qualcosa a che fare con la differenziazione interna di macOS tra i display.
Ma ora per il kicker: se provo a riprodurre lo stesso comportamento illogico con Safari, non succede. Safari si comporta esattamente come ci si aspetterebbe per quanto riguarda l'ordine di messa a fuoco.
Quindi penso che sia un problema creato da alcune interazioni tra Chrome e macOS a causa del blocco arbitrario di uno schermo.
Pertanto, ritengo che la soluzione più semplice per il tuo problema sia spostare le finestre del terminale sul desktop in cui Chrome è attivo. Forse riordinare i desktop potrebbe cambiare qualcosa sul comportamento, ma non l'ho verificato.