Potrebbero esserci alcune spiegazioni per i tuoi ritardi e potrei iniziare controllando il Monitor attività e la Console. In Activity Monitor, ci sono applicazioni o processi che occupano una percentuale eccessiva di tempo o RAM della CPU? Nella console, vengono segnalati errori? Queste sono solo strategie di risoluzione dei problemi di base e forse le hai già esaurite.
Potresti scoprire che non hai abbastanza RAM per eseguire il programma in modo ottimale. Ho una macchina da 4 GB e ho avuto rallentamenti simili con Aperture. La soluzione che ha funzionato per me era eseguire il programma in modalità a 32 bit. Puoi farlo selezionando il programma (nel tuo caso Omnigraffle) nel Finder, scegliendo File > Ottieni informazioni, quindi seleziona la casella di controllo "Apri in modalità a 32 bit".
Tieni presente che la modalità a 32 bit (credo) limiterà il programma a un massimo di 4 GB di RAM. Questo non è un problema per te ora, ma potrebbe limitare le prestazioni se in futuro avessi aggiunto più RAM al tuo sistema.