Apple aggiunge una voce di controllo degli accessi ad alcune app, che nega l'accesso di eliminazione al gruppo "tutti":
$ ls -lde /Applications/App\ Store.app
drwxr-xr-x+ 3 root wheel 102 Feb 16 22:21 /Applications/App Store.app
0: group:everyone deny delete
Tuttavia, se l'utente che stai cercando di evitare di eliminare è un amministratore, può rimuovere ACL e quindi eliminare liberamente le cose. Gli amministratori possono anche rimuovere o disabilitare i daemon di lancio. Fondamentalmente, se qualcuno ha diritti di amministratore sul computer, possono aggirare i tuoi tentativi di bloccare le cose. Vedi questa precedente domanda dove CommaToast fa uno sforzo coraggioso per capire come bloccare qualcosa contro un avversario con diritti di amministratore ... ma posso ancora pensare a come aggirare le sue misure.
D'altro canto, se non sono un amministratore, allora è banale: non possono comunque eliminare cose da / Applicazioni.