Numerosi progetti stanno utilizzando Doxygen , e penso che non ti sbagliare a scegliere quello che preferisci. In precedenza sono stato coinvolto in una parte di un progetto molto più grande che ha utilizzato Doxygen durante il processo di compilazione, non sono riuscito a entrare nella parte della generazione di documentazione effettiva della build, ma aggiungere i commenti è stato semplice e diretto.
Se il tuo progetto è di grandi dimensioni con sottosistemi scritti in lingue diverse, Doxygen è utile a causa dei molti linguaggi supportati: C ++, C, Java, Objective-C, Python, IDL (sapori Corba e Microsoft), Fortran , VHDL, PHP, C #, e in una certa misura D.