La risposta è mista. Mentre l'app store di iTunes può essere collegato con un ID Apple separato, ci saranno alcuni dati (naturalmente) memorizzati sul secondo account che utilizzi. Il dispositivo non verrà aggiunto ai dispositivi My Apple, anche se diventerà un dispositivo autorizzato in iTunes Store. Pertanto, alcuni dati verranno conservati nei server Apple per facilitare questa transazione. AFAIK questi dati non sono accessibili all'utente.
Tuttavia, per i backup dei dati, Foto, Trova il mio iPhone, I miei dispositivi Apple, ecc. che richiederebbero l'accesso dell'utente tramite iCloud sul telefono e non solo sull'Apple Store. Da lì, qualsiasi livello di dati impostato per la sincronizzazione verrà replicato. Tieni presente che puoi essere registrato in un account iCloud e iTunes separato, oltre a vari altri servizi (come account separati di iCloud e Messaggi).