Se hai ragione sul fatto che sia compatibile con il sistema operativo allora sì, l'installazione dell'ultima versione che funziona per me su Yosemite dovrebbe funzionare.
Per rispondere alla domanda sull'upgrade: Se ricordo correttamente, scilab è un'installazione standard di Mac tramite un file .dmg e trascina l'applicazione nella cartella Applicazioni.
Se questo è il caso, scarica l'ultimo .dmg da qui - link (assicurati di scaricare quello verificato per 10.10), montarlo e copiare l'applicazione nella cartella Applicazioni sovrascrivendo la versione precedente. E ora dovrebbe funzionare. Fammi sapere se non lo fa.