Ho provato a installare gromacs 5.1.1 tramite homebrew, non sono stati trovati tutti i comandi

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Ho provato a installare gromacs sul mio sistema (10.11.5) tramite homebrew. Il comando che ho usato era brew install gromacs e sembra funzionare bene; gromacs è nel mio usr/bin/Cellar , e compare quando eseguo brew list .

Ma, quando provo a eseguire effettivamente qualsiasi comando gromacs, ottengo solo un errore di comando non trovato. Quando provo a eseguire man gromacs mi dice che non esiste una voce manuale per gromacs; Ottengo le voci man come normale per altri pacchetti di brew che sto usando.

L'output brew doctor è incollato sotto, ma nulla in là significa nulla per me. Apprezzerei le tue prospettive su come fare questo lavoro, o su quali altre informazioni potrei aver bisogno di includere.

Mi chiedo se devo modificare il mio PERCORSO, ma in tal caso non so come farlo o cosa modificarlo.

Saluti

genera l'output medico dopo questo Warning: Unbrewed dylibs were found in /usr/local/lib. If you didn't put them there on purpose they could cause problems when building Homebrew formulae, and may need to be deleted.

Dylibs inaspettati:     /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib     /usr/local/lib/libtk8.6.dylib

Attenzione: i file di intestazione non ebraici sono stati trovati in / usr / local / include. Se non li hai messi lì apposta potrebbero causare problemi quando costruire formule Homebrew e potrebbe dover essere eliminato.

File di intestazione imprevisti:     /usr/local/include/fakemysql.h     /usr/local/include/fakepq.h     /usr/local/include/fakesql.h     /usr/local/include/itcl.h     /usr/local/include/itcl2TclOO.h     /usr/local/include/itclDecls.h     /usr/local/include/itclInt.h     /usr/local/include/itclIntDecls.h     /usr/local/include/itclMigrate2TclCore.h     /usr/local/include/itclTclIntStubsFcn.h     /usr/local/include/mysqlStubs.h     /usr/local/include/odbcStubs.h     /usr/local/include/pqStubs.h     /usr/local/include/tcl.h     /usr/local/include/tclDecls.h     /usr/local/include/tclOO.h     /usr/local/include/tclOODecls.h     /usr/local/include/tclPlatDecls.h     /usr/local/include/tclThread.h     /usr/local/include/tclTomMath.h     /usr/local/include/tclTomMathDecls.h     /usr/local/include/tdbc.h     /usr/local/include/tdbcDecls.h     /usr/local/include/tdbcInt.h     /usr/local/include/tk.h     /usr/local/include/tkDecls.h     /usr/local/include/tkPlatDecls.h

Attenzione: i file .la in ebraico sono stati trovati in / usr / local / lib. Se non li hai messi lì apposta potrebbero causare problemi quando costruire formule Homebrew e potrebbe dover essere eliminato.

File .la imprevisti:     /usr/local/lib/libfftw3f.la     /usr/local/lib/libfftw3f_threads.la

Attenzione: i file .pc non ebraici sono stati trovati in / usr / local / lib / pkgconfig. Se non li hai messi lì apposta potrebbero causare problemi quando costruire formule Homebrew e potrebbe dover essere eliminato.

File .pc imprevisti:     /usr/local/lib/pkgconfig/tcl.pc     /usr/local/lib/pkgconfig/tk.pc

Attenzione: le librerie statiche non ebraiche sono state trovate in / usr / local / lib. Se non li hai messi lì apposta potrebbero causare problemi quando costruire formule Homebrew e potrebbe dover essere eliminato.

Librerie statiche impreviste:     /usr/local/lib/libtclstub8.6.a     /usr/local/lib/libtkstub8.6.a

    
posta Lovelaces 07.07.2016 - 05:30
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1 risposta

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L'ho capito da solo, quindi sto postando la risposta nel caso in cui qualcun altro abbia questo problema.

La risposta è stata che gromacs è cambiato dalla versione che ho usato più recentemente, e i comandi a cui ero abituato non esistono più. Ad esempio, il comando g_energy ora viene eseguito come gmx energy .

Se hai anche questo problema, gmx help commands dovrebbe darti un elenco di cosa sono i comandi adesso.

Grazie per aver letto questo!

    
risposta data 07.07.2016 - 06:55
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