Penso che il passo più importante (o almeno il passo con il massimo ritorno sull'investimento) sia iniziare a utilizzare un framework (pre-costruito o quello che hai scritto) con un singolo punto di ingresso ¹

Questo è il miglior metodo per esercitarsi DRY (Non ripeterti) in PHP e ti aiuterà a realizzare la separazione del codice di elaborazione e del codice di visualizzazione.

Ciò consentirà anche di iniziare a vedere come OO può essere effettivamente utilizzato in PHP. In questo momento, gli oggetti sono difficili da immaginare per il codice "magico", come lo chiami tu. La gestione delle richieste e la logica di business (dove OO è adatto) sono cose molto diverse. La gestione delle richieste può essere eseguita con OO, ma non è assolutamente necessaria e gli oggetti saranno nettamente diversi dagli oggetti necessari nella tua applicazione.

Una volta che la tua gestione delle richieste è stata separata e seguendo uno schema distinto e coerente, gli oggetti relativi alla tua applicazione ricadranno naturalmente nei metodi del controller senza mescolarsi alla gestione delle richieste, il che renderebbe il tuo codice disordinato.

Quando lo fai, imposta una buona funzione __autoload in modo da non dover importare ogni classe nella tua app per ogni richiesta. Le classi non verranno caricate fino al momento necessario.

^{1: Qualcosa come il framework che ho descritto in un risposta a htaccess e uno su StackOverflow su un buon framework leggero e pulito}