Ho un set di SmartMailbox in mail.app e ho notato che dopo averle cambiate e riavviato il programma, le modifiche sono andate perse.
Ho appena provato a eliminare una vecchia regola in Preferenze > Regole e la regola restituita quando ho riavviato mail.app.
Ho controllato i file delle preferenze per problemi evidenti e ho cercato online e su questi forum, ma non ho trovato alcun indizio.