Sembra perfettamente normale. Se hai cancellato i file da un altro SO, se vuoi tornare alla stabilità, avvia il ripristino HD e ripara la partizione OS X. Quindi avvia su OS X e scarica l'ultimo aggiornamento combinato e riavvia.
Aggiungerei la partizione Mac alla scheda Privacy di Spotlight e chiudi le preferenze di sistema. Quindi lo rimuoverei dalla scheda privacy e lascialo riposare per circa 30 minuti e poi eseguirò il programma di aggiornamento combo.
Se hai un backup dei tuoi file, nella peggiore delle ipotesi ti ritroverai con un lato OS X corrotto e dovrai pulire e reinstallare. Se vuoi scaricare l'ultimo programma di installazione di OS X durante i 30 minuti di attesa sopra, è bello averlo su una chiavetta USB per ogni evenienza. Probabilmente non ne avrai bisogno perché il sistema di riflettori pulisce e si prende cura di se stesso abbastanza bene. Le uniche volte che ho visto avere file enormi è quando il sistema viene modificato esternamente mentre descrivi.
Ecco alcuni dati a sostegno della mia opinione che 900M non sia anormale:
MacPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
2952 /Volumes/Backups/.Spotlight-V100
496 /Volumes/Data/.Spotlight-V100
1082 /Volumes/NTM/.Spotlight-V100
183 /Volumes/fast/.Spotlight-V100
MacBookPro:~ bmike$ sudo du -sm /Volumes/*/.Spotlight*
1419 /Volumes/Macintosh HD/.Spotlight-V100
4273 /Volumes/PassportAir/.Spotlight-V100
4567 /Volumes/Retina/.Spotlight-V100