Suppongo che tu non stia usando Lion, dal momento che la tua descrizione suona più come FileVault 1 (tramite Snow Leopard) che FileVault 2 (Lion).
FileVault 1 protegge l'intera cartella home, con crittografia quando non si è registrati e le autorizzazioni quando si è. Per poter accedere ai file nella cartella Sites, il processo del server Web dovrebbe passare attraverso la cartella home - poiché non può entrare nella cartella home, non può accedere a nulla al suo interno, quindi le autorizzazioni sulla tua cartella Siti sono irrilevanti. (Mi consiglia di impostare i perms su Sites di nuovo a 755, però - 777 è solo una cattiva idea.)
Come risultato, ~ / Sites è praticamente inutile negli account FileVault. Lo stesso con ~ / Public - normalmente, è per condividere file sia localmente che (se i servizi sono abilitati) su AFP e / o SMB, ma con FV non è raggiungibile.
Ma hai un'alternativa: la directory web di primo livello, / Library / WebServer / Documents. Basta sostituire i file predefiniti con i tuoi e dovresti andare.